Cytométrie en flux : analyses multidimensionnelles non supervisées avec FlowJo - Niveau expert Présentiel

Cette formation permet d'initier les participants à l'utilisation des différents algorithmes existants dans FlowJo mais également d'acquérir une méthodologie pour réaliser une analyse non supervisée.

Cours

• Installation des plugins FlowJo :
  • où les télécharger, comment les installer ?
• Présentation des différents algorithmes disponibles dans FlowJo : avantages / inconvénients, quels sont les points critiques ?
  • nettoyage des données : check sample quality, FlowClean, FlowAI, PeacoQC
  • batch effect : CytoNorm, cycombine
  • outils de dimension de réduction : t-SNE, UMAP
  • outils de clustering : Phenograph, FlowSOM, X-Shift
  • outils d'interprétation des résultats : Cluster Explorer

Travaux dirigés

• Installation des plugins FlowJo
• Utilisation et comparaison des différents outils de nettoyage : check sample quality vs FlowClean, FlowAI, PeacoQC
• Utilisation et comparaison des outils de dimension de réduction : t-SNE et UMAP
• Utilisation et comparaison des outils de clustering : Phenograph, FlowSOM
• Utilisation des outils d'interprétation : Cluster explorer

• Connaître et comprendre les algorithmes disponibles dans FlowJo pour réaliser une analyse multidimensionnelle non supervisée
• Connaître les différentes étapes ou "workflow" pour réaliser une analyse non supervisée avec le logiciel FlowJo
• Présentation et démonstration des différents algorithmes
• Savoir réaliser une analyse non supervisée complète avec le logiciel FlowJo (du nettoyage des données jusqu'à l'interprétation des résultats)

Bonnes connaissances en cytométrie en flux multiparamétriques

Bonnes connaissances du logiciel FlowJo pour le retraitement des données ou avoir suivi la formation "Cytométrie en Flux : retraitement des données avec le logiciel FlowJo" ou niveau équivalent

Il sera demandé aux participants de venir avec leur propre ordinateur.

Pour le cours, un tutoriel sera remis au participant ; pour les TD, des fichiers au format PDF seront remis au participant.