Transcriptomique spatiale : Méthodes et applications en R Présentiel
Dernière mise à jour : 09/02/2026
Unité de recherche
Description
Cette formation introduira les outils essentiels de l'analyse transcriptomique spatiale en R, avec un focus sur la librairie Seurat qui permet la manipulation, l'analyse et la visualisation de données spatiales. Plusieurs autres « packages » R spécialisés dans l'analyse de données spatiales seront également présentés.
- Introduction aux concepts du séquençage d'ARN à résolution spatiale (sequencing-based and image-based)
- Importation des données Spatial dans R
- Contrôle qualité et pré-traitement des données
- Visualisation spatiale de l'expression génique
- Normalisation de données
- Identification de marqueurs
- Clustering et assignation cellulaire
- Déconvolution des données pour identification cellulaire
Objectifs de la formation
- Analyser et manipuler des jeux de données de transcriptomique spatialement résolue (données de séquençage et d'imagerie)
- Appliquer les concepts méthodologiques propres aux données spatiales (statistiques spatiales, analyse d'enrichissement de niches)
- Intégrer les approches spatiales avec les analyses single-cell RNA-seq pour l'annotation et l'identification cellulaire
Public visé
- Chercheurs, ingénieurs et techniciens en biologie et bio-informatique
- Professionnels souhaitant analyser des données de transcriptomique spatiale ou reproduire des méthodologies issues de publications scientifiques
Prérequis
- Maîtrise du langage R
- Avoir suivi le stage "Langage R : introduction" ou niveau équivalent
Modalités pédagogiques
Alternance de courtes présentations (50 %) suivies de travaux pratiques basés sur des jeux de données réels (50 %)
2 intervenants en simultané pour les TD
2 intervenants en simultané pour les TD
Moyens et supports pédagogiques
Un fichier au format PDF sera mis à disposition du participant.
Il est conseillé de venir avec son propre ordinateur portable.
Il est conseillé de venir avec son propre ordinateur portable.
Modalités d'évaluation et de suivi
Un suivi individualisé par des évaluations formatives est assuré. Une attestation de fin de formation est délivrée à la fin du parcours.
Formateurs
Informations sur l'admission
L'admission à cette formation ne fait l'objet d'aucun examen, test ou sélection préalable ; l'inscription est validée après réception du dossier complet et confirmation par l'organisme de formation.
Modalités tarifaires spécifiques
Nos formations sont exonérées de TVA. Elles bénéficient de remises volumes : - 5% pour 3-4 inscrits, - 10% pour 5-6 inscrits, et - 20% à partir de 7 personnes. Une réduction de 20% est appliquée pour les agents salariés du CNRS.
Informations sur l'accessibilité
Notre organisme s'engage à garantir l'accessibilité de ses formations à distance et en présentiel aux personnes en situation de handicap. Un référent handicap est mobilisable afin d'analyser les besoins spécifiques et de mettre en place, lorsque cela est possible, les adaptations pédagogiques, techniques ou organisationnelles nécessaires.