Préparer des banques pour les technologies NGS Illumina et Nanopore : les étapes pratiques et méthodologiques appliquées au séquençage short et long reads Présentiel

AXE 12 - Biologie moléculaire et biochimie

Environnement scientifique et technique de la formation

Préparer des banques pour les technologies NGS Illumina et Nanopore : les étapes pratiques et méthodologiques appliquées au séquençage short et long reads

PROGRAMME

• Module théorique (5 h)
• Module pratique (12 h)

Module théorique :

• La technologie de séquençage Illumina
• Les principales méthodes de construction de banques NGS
• Format des données générées et généralités sur l'analyse primaire des données
• Potentiel des applications de séquençage (illustrations, exemplifications)

Module pratique :

• Un exemple de construction de banques à partir d'ADN : séquençage de petits génomes
• Un exemple de construction de banques à partir d'ARN : séquençage RNAseq
• Quantification et qualification des ADN et des ARN
• Construction d'une banque à partir d'ADN et d'ARN
• Contrôle qualité de banques avant séquençage
• Séquençage sur plateforme Illumina (NextSeq500)
• Récupération des données de séquençage et critères de validation

La dernière demi-journée (3 h) sera consacrée à l'analyse de cas exposés par les stagiaires (questions spécifiques, projets propres de séquençage)

• Comprendre les technologies de séquençage Illumina
• Savoir identifier les points limitants avant le développement d'un projet de séquençage
• Acquérir les compétences pratiques et théoriques pour la réalisation de ses projets NGS
• Maîtriser les étapes de construction et de validation d'une banque NGS pour être autonome
• Maîtriser les équipements pour la quantification et qualification des acides nucléiques et la sélection de taille

Chercheurs, ingénieurs et techniciens intéressés par le volet pratique du séquençage NGS

Afin d'adapter le contenu du stage aux attentes des stagiaires, un questionnaire téléchargeable sur notre site internet devra être complété et renvoyé au moment de l'inscription.

• Alternance de cours (5 h) et de travaux pratiques et dirigés (15 h)
• TP en binômes avec 1 intervenant pour 2 binômes maximum

En fin de formation, un test d'évaluation d'acquisition des connaissances sera effectué et une correction collective commentée permettra au stagiaire de se positionner sur l'atteinte des objectifs de la formation.

Un support papier sera mis à disposition du stagiaire.

Evaluation de la formation par les stagiaires

Envoi d'une attestation de formation