Préparer des banques NGS à partir des petits ARN pour la technologie Illumina Présentiel

AXE 12 - Biologie moléculaire et biochimie

Environnement scientifique et technique de la formation

Préparer des banques NGS à partir des petits ARN pour la technologie Illumina

OBJECTIFS

Institut de biologie intégrative de la cellule http://www.i2bc.paris-saclay.fr

RESPONSABLES

Céline HERNANDEZ
Ingénieure de recherche
UMR 9198
Erwin VAN DIJK
Ingénieur de recherche
UMR 9198

• Comprendre la technologie de séquençage Illumina
• Comprendre les différentes techniques de préparation de banques petits ARN et leurs avantages et inconvénients
• Comprendre les aspects techniques de banques à partir de différents types de petits ARN (small RNA : miRNA, tRNA, RIP/CLIP-seq, Ribo-seq...)
• Préparer une banque petits ARN de façon autonome
• Maîtriser la quantification, qualification et validation des banques petits ARN

PUBLIC

Chercheurs, ingénieurs, techniciens
Afin d'adapter le contenu du stage aux attentes des stagiaires, un questionnaire téléchargeable devra être complété et renvoyé au moment de l'inscription.

PREREQUIS

Connaissances de base en biologie moléculaire

ORGANISATION

PROGRAMME

18 h
8 stagiaires maximum
A partir du jour 2, les parties théoriques se déroulent pendant les temps d'attente des protocoles.

Lieux accessibles aux PMR

Jour 1

MÉTHODES PÉDAGOGIQUES

Les supports pédagogiques seront fournis aux stagiaires à l'issue de la formation.
En fin de formation, un test d'évaluation d'acquisition des connaissances sera effectué et une correction collective commentée permettra au stagiaire de se positionner sur l'atteinte des objectifs de la formation.

COÛT PÉDAGOGIQUE
2040 Euros

À L'ISSUE DE LA FORMATION
Evaluation de la formation par les stagiaires ; attestation de formation

DATE DU STAGE
Réf. 25 238 : du mercredi 04/06/25 à 09:00 au vendredi 06/06/25 à 16:30

Matin :
Théorique : Séquençage à haut débit (45min)
Théorique : Methodes d'extraction d'ARN (30min)
Théorique : Protocoles de préparation de banques (45min)
TP : Présentation du TP (45min)

Après-midi :
TP : Préparation des échantillons et QC
Théorique : Petits ARN circulants/biomarqueurs (45min)

Jour 2

Matin :
TP : Préparation des banques (1/2)
Théorique : Analyse bioinformatique (45min)

Après-midi :
TP : Préparation des banques (2/2)
Théorique : Ribo-seq, Isabelle Hatin (45min)
Théorique : CLIP/RIP-seq, CRAC, Domenico Libri (45min)

Jour 3

Matin :
Discussions : Evaluation du run de séquençage (1h)
TP : Préparation de banques d'ARN total (1/2)

Après-midi :
Préparation de banques d'ARN total (2/2)

INTERVENANTS

EQUIPEMENT

Petit équipement (pipettes, micro centrifugeuse, thermocycleur Geneamp 9700 et PCR system, Bioanalyzer 2100, séquenceur de séquençage Illumina NextSeq550/2000).

Voir le site internet de la plateforme de séquençage de l'I2BC pour une description plus détaillée des équipements.

• Comprendre la technologie de séquençage Illumina
• Comprendre les différentes techniques de préparation de banques petits ARN et leurs avantages et inconvénients
• Comprendre les aspects techniques de banques à partir de différents types de petits ARN (small RNA : miRNA, tRNA, RIP/CLIP-seq, Ribo-seq...)
• Préparer une banque petits ARN de façon autonome
• Maîtriser la quantification, qualification et validation des banques petits ARN

Petit équipement (pipettes, micro centrifugeuse, thermocycleur Geneamp 9700 et PCR system, Bioanalyzer 2100, séquenceur de séquençage Illumina NextSeq550/2000).

Les supports pédagogiques seront fournis aux stagiaires à l'issue de la formation.

En fin de formation, un test d'évaluation d'acquisition des connaissances sera effectué et une correction collective commentée permettra au stagiaire de se positionner sur l'atteinte des objectifs de la formation.

À L'ISSUE DE LA FORMATION
Evaluation de la formation par les stagiaires ; attestation de formation