Préparer des banques NGS à partir des petits ARN pour la technologie Illumina Présentiel

A partir du 2ème jour, les parties théoriques se déroulent pendant les temps d'attente des protocoles.

1er jour

• Matin :
  
  • Théorique : Séquençage à haut débit (45min)
  • Théorique : Methodes d'extraction d'ARN (30min)
  • Théorique : Protocoles de préparation de banques (45min)
  • TP : Présentation du TP (45min)
• Après-midi :
  
  • TP : Préparation des échantillons et QC
  • Théorique : Petits ARN circulants/biomarqueurs (45min)

2ème jour

• Matin :
  
  • TP : Préparation des banques (1/2)
  • Théorique : Analyse bioinformatique (45min)
• Après-midi :
  • TP : Préparation des banques (2/2)
  • Théorique : Ribo-seq, Isabelle Hatin (45min)
  • Théorique : CLIP/RIP-seq, CRAC, Domenico Libri (45min)

3ème jour

• Matin :
  • Discussions : Evaluation du run de séquençage (1h)
  • TP : Préparation de banques d'ARN total (1/2)
• Après-midi :
  • Préparation de banques d'ARN total (2/2)
  • Discussions
  • Conclusions, fin de la formation

• Comprendre la technologie de séquençage Illumina
• Comprendre les différentes techniques de préparation de banques petits ARN et leurs avantages et inconvénients
• Comprendre les aspects techniques de banques à partir de différents types de petits ARN (small RNA : miRNA, tRNA, RIP/CLIP-seq, Ribo-seq...)
• Préparer une banque petits ARN de façon autonome
• Maîtriser la quantification, qualification et validation des banques petits ARN

Petit équipement (pipettes, micro centrifugeuse, thermocycleur Geneamp 9700 et PCR system, Bioanalyzer 2100, séquenceur de séquençage Illumina NextSeq550/2000).

Voir le site internet de la plateforme de séquençage de l'I2BC pour une description plus détaillée des équipements.

Les supports pédagogiques seront fournis aux participants à l'issue de la formation.