Analyse d'images sur QuPath : des bases aux méthodes avancées (Machine et Deep Learning) pour coupes histologiques, et autres larges images 2D Présentiel

AXE 10 - Microscopie et imagerie

Environnement scientifique et technique de la formation

Institut Toulousain des maladies infectieuses et inflammatoires https://www.infinity.inserm.fr/

RESPONSABLES

Simon LACHAMBRE
Ingénieure d'études
UMR 5051
Lhorane LOBJOIS
Ingénieur de recherche
UMR 5051

Traitement d'images

Analyse d'images sur QuPath : des bases aux méthodes avancées (Machine et Deep Learning) pour coupes histologiques, et autres larges images 2D

PROGRAMME

1. Jour 1 : Introduction au logiciel et analyse d'image
   - Prise en main du logiciel : se familiariser avec l'interface, notion de projet
   - Création et gestion des régions d'intérêts : annotations vs détections
   - Réaliser une segmentation : comprendre et appliquer un seuillage
   - Introduction à l'intelligence artificielle : notions de Machine et Deep Learning
2. Jour 2 : Approfondissement dans l'utilisation du logiciel et automatisation
   - Utilisation de nouveaux outils d'IA : Stardist, Cellpose, Sam...
   - Exportation des mesures et des gestions des données de sortie
   - Automatisation des tâches : pour appliquer l'analyse à un ensemble d'images
   - Étude de cas concrets : à partir des images des participants

EQUIPEMENT

Les stagiaires devront amener leur propre ordinateur (avec souris si possible). L'installation du logiciel QuPath sera à faire en amont de la formation. Le procédé d'installation sera fourni par les organisateurs. Possibilité de le faire en visio.

À L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

Réf. 25 288 : du jeudi 06/03/25 à 09:00 au vendredi 07/03/25 à 17:00

• Maîtriser le logiciel QuPath afin de pouvoir visualiser et classifier différents types de données d'imagerie 2D (images multi-couleurs, immunohistochimie)
• Acquérir les bases permettant de traiter des images et de les analyser afin de générer des données quantifiables
• Appréhender l'analyse par intelligence artificielle (Machine et Deep Learning) grâce aux nouveaux outils (Stardist, Cellpose, Sam...)

Lieu : TOULOUSE CEDEX (31)

Organisation : 14 h, 12 stagiaires maximum, Lieux accessibles aux PMR