Analyse d'images sur QuPath : des bases aux méthodes avancées (Machine et Deep Learning) pour coupes histologiques, et autres larges images 2D Présentiel

Dernière mise à jour : 10/02/2026

Unité de recherche

Description

Jour 1 : Introduction au logiciel et analyse d'image
- Prise en main du logiciel : se familiariser avec l'interface, notion de projet
- Création et gestion des régions d'intérêts : annotations vs détections
- Réaliser une segmentation : comprendre et appliquer un seuillage
- Introduction à l'intelligence artificielle : notions de Machine et Deep Learning

Jour 2 : Approfondissement dans l'utilisation du logiciel et automatisation
- Utilisation de nouveaux outils d'IA : Stardist, Cellpose, Sam...
- Exportation des mesures et des gestions des données de sortie
- Automatisation des tâches : pour appliquer l'analyse à un ensemble d'images
- Étude de cas concrets : à partir des images des participants

Objectifs de la formation

Maîtriser le logiciel QuPath afin de pouvoir visualiser et classifier différents types de données d'imagerie 2D (images multi-couleurs, immunohistochimie)
Acquérir les bases permettant de traiter des images et de les analyser afin de générer des données quantifiables
Appréhender l'analyse par intelligence artificielle (Machine et Deep Learning) grâce aux nouveaux outils (Stardist, Cellpose, Sam...)

Public visé

Chercheurs, ingénieurs et techniciens du secteur de la biologie, de l'imagerie et de la santé.

Prérequis

Avoir déjà des bases d'analyse d'images, quel que soit le logiciel ; avoir des bases de microscopie photonique ; langue française

Modalités pédagogiques

Alternance de présentations et de démonstrations.

Moyens et supports pédagogiques

Les participants devront amener leur propre ordinateur (avec souris si possible). L'installation du logiciel QuPath sera à faire en amont de la formation. Le procédé d'installation sera fourni par les organisateurs. Possibilité de le faire en visio.

A la fin de la formation, chaque participant repartira avec un support pédagogique reprenant les différents points de la formation.

Modalités d'évaluation et de suivi

Un suivi individualisé par des évaluations formatives est assuré. Une attestation de fin de formation est délivrée à la fin du parcours.

Formateurs

LACHAMBRE Simon

Responsable scientifique

LOBJOIS Lhorane

Responsable scientifique

Informations sur l'admission

L'admission à cette formation ne fait l'objet d'aucun examen, test ou sélection préalable ; l'inscription est validée après réception du dossier complet et confirmation par l'organisme de formation.

Modalités tarifaires spécifiques

Nos formations sont exonérées de TVA. Elles bénéficient de remises volumes : - 5% pour 3-4 inscrits, - 10% pour 5-6 inscrits, et - 20% à partir de 7 personnes. Une réduction de 20% est appliquée pour les agents salariés du CNRS.

Informations sur l'accessibilité

Notre organisme s'engage à garantir l'accessibilité de ses formations à distance et en présentiel aux personnes en situation de handicap. Un référent handicap est mobilisable afin d'analyser les besoins spécifiques et de mettre en place, lorsque cela est possible, les adaptations pédagogiques, techniques ou organisationnelles nécessaires.

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Catégorie : Microscopie et imagerie
Durée : 14h
Prix : 835 € Net de taxe

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Référence : MOD_2025343
Satisfaction :

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