Traitement d’images sous ImageJ / FIJI et segmentation par Machine Learning : bases conceptuelles et pratiques Présentiel

AXE 10 - Microscopie et imagerie

Environnement scientifique et technique de la formation

Institut de biologie du développement de Marseille-Luminy http://www.ibdm.univ-mrs.fr/fr/service/imagerie/

RESPONSABLES

• Cédric MATTHEWS
  Ingénieur de recherche
  UMR 7288
• Christian ROUVIERE
  Ingénieur de recherche
  FR 3743

Traitement d'images

Traitement d'images sous ImageJ/FIJI et segmentation par Machine Learning : bases conceptuelles et pratiques

PROGRAMME

1. 1er jour :
   • Création de l'image et des formats d'images utilisés pour évoluer progressivement vers l'utilisation des outils de base du traitement d'image sous FIJI
   • Les notions de filtrages de convolution et de filtrage fréquentiel permettront la réalisation du prétraitement en vue de la réalisation de la segmentation
   • Le traitement de l'images binaire sera réalisé dans le pipeline par des algorithmes de morphomathématiques
   • Les grands thèmes filtrage, segmentation, morphomathématiques seront abordés sous forme de cours
2. 2ème jour :
   • Des mises en applications sur des cas réels de traitement d'images viendront renforcer les acquis
   • Une fois le pipeline de traitement d'images construit, nous apprendrons à l'automatiser en mode Macro-commandes
   • L'apport du Machine Learning sera abordé pour montrer en classification de pixels ou d'objets que l'on peut résoudre des problèmes insolubles par les méthodes classiques
3. 3ème jour :
   • Un ensemble d'outils évolués seront présentés en fonction des besoins (visualisation 3 D, Tracking, colocalisation)
4. 4ème jour :
   • Le dernier temps de la formation sera consacré à l'application des outils transmis durant la formation, à l'aide de la résolution des problématiques de chacun
   • Des outils utilisant des modèles pré-entrainés seront aussi montrés durant ce dernier temps
   • Nous apprendrons aussi un comportement d'écologie numérique en utilisant l'outil approprié

EQUIPEMENT

Des ordinateurs équipés de cartes graphiques seront mis à disposition des stagiaires, les logiciels libre de préinstallés (FIJI, Cellpose, Ilastik). Si un stagiaire veut utiliser son propre PC, il devra installer les logiciels FIJI, Cellpose, Ilastik.

DATE DU STAGE : du mardi 30/09/25 à 09:00 au vendredi 03/10/25 à 17:00

INTERVENANTS : C. Matthews et Christian Rouvière (ingénieurs de recherche)

• Acquérir, par une alternance de cours et de travaux pratiques, les concepts et les méthodes actuelles du traitement de l'image
• Conduire rapidement et automatiquement de façon autonome un travail complet d'analyse par les techniques de traitement de l'image
• Appréhender les bases de l'utilisation de nouveaux logiciels libres de droit comme FIJI et des outils de segmentation récents (Ilastik, Cellpose…) et connaître les points forts et complémentaires de ces applications
• Aborder des notions d'écologie numérique

Chercheurs, ingénieurs et techniciens, tous types de secteur d'activité

Aucun

Alternance de cours (18,5 h) et de formations théoriques (14,5 h) comportant des exercices d'application (encadrées par les 2 intervenants). Les stagiaires travailleront en binôme (deux cerveaux, un ordinateur) lors de la résolution d'applications et feront une restitution au groupe. Tout au long de la formation, des cas pratiques réalisés en groupes permettront aux stagiaires d'évaluer l'acquisition des compétences. A chaque étape, une restitution collégiale sera effectuée pour mutualiser la connaissance acquise et la mettre en interrogation pour tous. Des supports dématérialisés, ouvrages, guides et logiciels seront remis aux participants à l'issue de la formation.

Des ordinateurs équipés de cartes graphiques seront mis à disposition des stagiaires, les logiciels libre de préinstallés (FIJI, Cellpose, Ilastik).

Evaluation de la formation par les stagiaires. Envoi d'une attestation de formation.