Imaris : visualisation et quantification d’images 3D Présentiel

La visualisation et l'analyse quantitative d'images 3D et 3D/temps, ainsi que la représentation des données de microscopie, seront mises en pratique grâce au logiciel commercial Imaris, mais également grâce à l'interface intégrée avec le logiciel libre ImageJ/FIJI. Les bases conceptuelles de l'analyse 3D des images seront également abordées.

• Introduction à l'image numérique 2D et 3D : images matricielles ou vectorielles
• Présentation d'Imaris et ses fonctionnalités
• Découverte de l'interface du logiciel et manipulations d'images simples
• Outils de visualisation 2D/3D : Slices, Section, Ortho/oblique slicers, clipping plane, etc.
• Introduction au traitement d'images : filtrage, correction de fond, etc.
• Mesures simples : module Measurement Points
• Analyses de base : modules Surfaces et Spots
• Analyses avancées : modules Filaments, Tracking et Cells
• Module XT : lien avec ImageJ/FIJI et MatLab
• Représentations statistiques 2D/3D avec Vantage
• Extraction de données : Snapshots et création d'animations complexes

Les participants auront la possibilité d'envoyer leurs propres images aux formateurs avant le début de la formation. Celles-ci seront analysées durant les TP à des fins pédagogiques sous réserve de l'accord des formateurs.

• Découvrir les possibilités du logiciel de traitement et d'analyse d'images 3D Imaris
• Acquérir les bases du traitement et de l'analyse des images 3D numériques en biologie

• Etre à l'aise avec l'outil informatique
• Etre utilisateur de systèmes de microscopie

Mise à disposition d'un ordinateur par participant avec logiciels Imaris, FIJI, MATLAB Runtime.

Un fichier au format PDF sera mis à disposition du participant.