Imaris : visualisation et quantification d’images 3D Présentiel
Dernière mise à jour : 01/10/2025
Description
La visualisation et l'analyse quantitative d'images 3D et 3D / temps, ainsi que la représentation des données de microscopie, seront mises en pratique grâce au logiciel commercial Imaris, mais également grâce à l'interface intégrée avec le logiciel libre ImageJ / FIJI. Les bases conceptuelles de l'analyse 3D des images seront également abordées.
- Introduction à l'image numérique 2D et 3D : images matricielles ou vectorielles
- Présentation d'Imaris et ses fonctionnalités
- Découverte de l'interface du logiciel et manipulations d'images simples
- Outils de visualisation 2D / 3D : Slices, Section, Ortho / oblique slicers, clipping plane, etc.
- Introduction au traitement d'images : filtrage, correction de fond, etc.
- Mesures simples : module Measurement Points
- Analyses de base : modules Surfaces et Spots
- Analyses avancées : modules Filaments, Tracking et Cells
- Module XT : lien avec ImageJ / FIJI et MatLab
- Représentations statistiques 2D/3D avec Vantage
- Extraction de données : Snapshots et création d'animations complexes
Les participants auront la possibilité d'envoyer leurs propres images aux formateurs avant le début de la formation. Celles-ci seront analysées durant les TP à des fins pédagogiques sous réserve de l'accord des formateurs.
Objectifs de la formation
- Découvrir les possibilités du logiciel de traitement et d'analyse d'images 3D Imaris
- Acquérir les bases du traitement et de l'analyse des images 3D numériques en biologie
Public visé
Personnels techniques, chercheurs, doctorants ayant à traiter et analyser des acquisitions 3D obtenues en microscopie photonique ou électronique. Afin d'adapter le contenu du stage aux attentes des stagiaires, un questionnaire téléchargeable devra être complété et renvoyé au moment de l'inscription.
Prérequis
- Etre à l'aise avec l'outil informatique
- Etre utilisateur de systèmes de microscopie
Modalités pédagogiques
Programme alternant théorie et pratique personnalisée avec mise en application sur les images des stagiaires. Chaque stagiaire travaille sur un ordinateur avec le logiciel et appliquera les notions au fil de l'eau. Tout au long de la formation, des exercices corrigés permettront au stagiaire d'évaluer l'acquisition des connaissances. Un fichier au format PDF sera mis à disposition du stagiaire.
Moyens et supports pédagogiques
Mise à disposition d'un ordinateur par stagiaire avec logiciels Imaris, FIJI, MATLAB Runtime.
Modalités d'évaluation et de suivi
Evaluation de la formation par les stagiaires. Envoi d'une attestation de formation.
Formateurs
Informations sur l'admission
Un questionnaire téléchargeable devra être complété et renvoyé au moment de l'inscription.
Informations sur l'accessibilité
Lieux accessibles aux PMR.