Microscopie volumique FIB-SEM pour la biologie et les applications 3D à température ambiante Présentiel

AXE 10 - Microscopie et imagerie

Environnement scientifique et technique de la formation

Microscopie électronique

Microscopie volumique FIB-SEM pour la biologie et les applications 3D à température ambiante

PROGRAMME

L'objectif principal de cette formation étant d'appréhender les contraintes d'acquisition 3D au FIB-SEM pour les échantillons biologiques, une part importante sera consacrée à la pratique sur le FIB-SEM lui-même, et sur le repérage de l'échantillon dans le bloc de résine en amont du FIB (tomographie X, préparation du bloc par microtomie). Les techniques de préparation d'échantillons précédant le FIB-SEM (fixation, contraste, inclusion) ne seront abordées qu'en théorie, avec une mise en lumière des adaptations spécifiques liées au FIB-SEM.

1. 1ère partie (théorique)
   • Application FIB-SEM pour la biologie : pourquoi ? comment ?
   • Fonctionnement du FIB-SEM
   • Protocoles de préparation d'échantillon pour le FIB-SEM
   • Préparation d'un bloc de résine pour l'acquisition FIB (montage sur le stub et métallisation)
2. 2ème partie (pratique)
   • Repérage de l'échantillon dans un bloc de résine avant l'acquisition (selon la disponibilité des échantillons et des équipements, les participants pourront pratiquer la microscopie à fluorescence ou la tomographie à rayons X)
   • Lancement d'une acquisition sur un bloc de résine au FIB-SEM. Cette partie pratique peut s'intercaler avec des discussions sur les trouble shooting et sur les stratégies d'adaptation aux problèmes rencontrés sur les échantillons en résine.
3. 3ème partie (théorie et pratique)
   • Analyse d'image (manipulation des données, alignements, post-processing)

DATE DU STAGE

Réf. 25 445 : du mardi 17/06/25 à 13:30 au vendredi 20/06/25 à 18:00

Manipulation des jeux de données sur les ordinateurs portables des participants

Bonnes pratiques de gestion de données

Introduction aux solutions de segmentation, de visualisation et d'analyse 3D

EQUIPEMENTS

C. BOULOGNE FIB-SEM Zeiss (ingénieure de recherche, I2BC), Crossbeam550, métalliseur, ultramicrotome, P.-H. JOUNEAU (chercheur CEA Grenoble/IBS) microCT ou microscope confocal. et T. DAVID (chercheur CEA Grenoble/LITEN)

Pour la partie TD d'analyse d'image, les participants devront ramener leur ordinateur portable. La liste de logiciel à installer sera envoyée en amont de la formation.

• Acquérir les bases théoriques du fonctionnement d'un FIB-SEM
• Préparer un échantillon pour le FIB-SEM (élaborer un protocole adapté et préparer un bloc)
• Repérer son échantillon avant l'acquisition au FIB (semi-fines, tomographie à rayons X, fluorescence)
• Lancer une acquisition 3D au FIB-SEM pour un échantillon inclus en résine (mettre en route une acquisition, analyser les problèmes, connaitre les solutions)
• Préparer un jeu de données en vue d'une segmentation (export, alignement, post-processing)
• Notions de base sur l'analyse du volume 3D (segmentation, visualisation 3D, analyse quantitative)